Onderwijsinstellingen maken dagelijks plannen, nemen beslissingen en voeren veranderingen door. De verantwoordelijkheid voor het beleid op school ligt bij het (school)bestuur. Omdat het beleid leraren en leerlingen direct of indirect aangaat, moet het (school)bestuur overleggen met de medezeggenschapsraad (MR).
Iedere school moet een medezeggenschapsraad hebben. Omdat ’t Baeken onderdeel is van een overkoepelende stichting (SAKS/SKB) waarin meerdere Rooms-katholieke basisscholen zijn aangesloten, moet er ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR) zijn welke schooloverstijgende zaken behandeld. Verkiezingen bepalen wie er uiteindelijk mag meepraten en meebeslissen in de medezeggenschapsraad.
De MR op ’t Baeken bestaat uit vier ouders (oudergeleding) en vier leerkrachten (personeelsgeleding). De oudergelding bestaat uit Carin Loche (voorzitter MR en penningmeester), Martijn Bart ( ARBO en GMR), Angelique Draaijer en Jacqueline Brienen ( ARBO ). De personeelsgeleding bestaat uit Loes Janson (secretaris), Hetty Nijssen ( GMR) , Miranda Kuipers ( vice voorzitter) en Wendy Roobeek.
De medezeggenschapsraad heeft twee soorten rechten: het instemmingsrecht en het adviesrecht. Deze rechten zijn beschreven in het reglement van de medezeggenschapsraad.
Naast gezamenlijke bevoegdheden, hebben ouders een eigen instemmingsrecht bij beslissingen die voor hen in het bijzonder belangrijk zijn, zoals de ouderbijdrage, de vaststelling van de schooltijden of de regeling van het overblijven. Samen met het personeel hebben ze instemming bij beslissingen over onder meer het schoolplan, de onderwijskundige doelstellingen of plannen om samen te gaan met een andere school of schoolbestuur (fusieplannen).
In sommige situaties moeten de directie en het bestuur advies vragen aan de medezeggenschapsraad. Bijvoorbeeld over het voorgenomen beleid op het gebied van financiën, aanmelding en toelating van nieuwe leerlingen, of het ontslaan of aannemen van de schoolleiding. Over deze zaken heeft de medezeggenschapsraad adviesrecht.